Để bước đầu hiện thực hóa AEC, Hội nghị cấp cao ASEAN lần thứ 9 (2003) đồng ý: ASEAN sẽ thực hiện các khuyến nghị về liên kết kinh tế của Nhóm Đặc Trách Cao cấp (HLTF) về Liên kết Kinh tế của Hội nghị Bộ trưởng Kinh tế ASEAN (AEM). Cụ thể là:

a- Đẩy mạnh việc thực hiện những sáng kiến kinh tế hiện có, bao gồm Khu vực Mậu dịch Tự do ASEAN, Hiệp định Khung ASEAN về Dịch vụ, và Khu vực Đầu tư ASEAN;

b- Thúc đẩy hội nhập khu vực trong các ngành ưu tiên;

c- Tạo thuận lợi cho việc đi lại của doanh nhân, lao động lành nghề và nhân tài, và tăng cường các thể chế của ASEAN và thu hẹp khoảng cách phát triển.

Hành động lớn đầu tiên của ASEAN để triển khai các biện pháp cụ thể trên chính là việc các nhà lãnh đạo các nước thành viên ký Hiệp định Khung ASEAN về Hội nhập các Ngành Ưu tiên. Có thể coi đây là một kế hoạch hành động trung hạn đầu tiên của AEC. ASEAN hy vọng, hội nhập nhanh các ngành ưu tiên này sẽ tạo thành bước đột phá, tạo đà và tạo ra hiệu ứng lan tỏa sang các ngành khác. Tại Hiệp định này, các nước thành viên đã cam kết loại bỏ thuế quan sớm hơn 3 năm so với cam kết theo Chương trình Thuế quan Ưu đãi Có Hiệu lực Chung của AFTA (CEPT/AFTA). Các ngành ưu tiên hội nhập gồm: 7 ngành sản xuất hàng hóa là nông sản, thủy sản, sản phẩm cao su, sản phẩm gỗ, dệt may, điện tử, ô tô; 2 ngành dịch vụ là hàng không và e- ASEAN (hay thương mại điện tử); và, 2 ngành vừa hàng hóa vừa dịch vụ là y tế và công nghệ thông tin. Tháng 12 năm 2006, tại Hội nghị Bộ trưởng Kinh tế ASEAN, các bộ trưởng đã quyết định đưa thêm ngành hậu cần vào danh mục ngành ưu tiên hội nhập. Như vậy, tổng cộng có 12 ngành ưu tiên hội nhập. Các ngành nói trên được lựa chọn trên cơ sở lợi thế so sánh về tài nguyên thiên nhiên, kỹ năng lao động, mức độ cạnh tranh về chi phí, và mức đóng góp về giá trị gia tăng đối với nền kinh tế ASEAN. Các nước Brunei, Indonesia, Malaysia, Philippines, Singapore, Thái Lan sẽ hạ thuế quan đối với các sản phẩm của 12 ngành ưu tiên xuống 0% vào năm 2007, trong khi đối với các nước còn lại sẽ là năm 2012.